３０年來，商水縣疾病預防控制中心作為疾病預防控制和衛生監督檢測中心，以保障全縣人民群眾身體健康為己任，在全縣傳染病的預防控制和衛生監督監測中取得了卓有成效的成績，為全縣的疾病預防控制及衛生監督檢測工作積累了豐富的經驗。
基本建設
辦公用房：商水縣疾病預防控制中心（原防疫站）１９７８年僅有辦公用房２０余間，建筑面積為４８０平方米。后于１９８３年建辦公樓１棟，建筑面積為１４８２平方米。２００４動工籌建建筑面積為２２０９平方米的疾病控制大樓１棟，當年１２月底正式投入使用。目前，該中心辦公用房為３７７２平方米。
檢驗室建設：商水縣投資近４０萬元對中心實驗室進行了全面整改，創建了全市一流的檢測中心。中心實驗室擁有大型儀器設備：微波消解儀、純水處理器等近１０臺，中小型儀器１５臺，又裝備了萬級無菌室、局百級無菌室。
重點傳染病防治
消滅脊灰，強化免疫：商水縣從１９９２起對全縣范圍內０～３歲兒童每年兩次強化服苗，每次服苗前采取多種形式進行大力宣傳，達到家喻戶曉，讓人們明白脊灰的危害、預防及強化服苗的重大意義。
乙肝疫苗普種：商水縣是乙肝的高發縣，全縣乙肝病毒攜帶者約有１０萬人，全縣統一布置，積極行動，于１９９９年１２月底完成接種工作，當年，全縣共接種乙肝疫苗１０２４２６人。
甲肝普種：該縣以１～１５歲青少年兒童及社會高危人群為重點的甲肝疫苗接種率超過８０％，初步構成全縣的甲肝免疫屏障。
艾滋病預防：２００３年，商水縣被定為艾滋病防治示范區。２００５年４月，根據上級要求，該縣成立了ＨＩＶ檢測實驗室，通過實施艾滋病綜合防治和救治，目前疫情得到了有效控制。
結核病防治：２００５年１月１日，“中國結核病控制項目”在該縣啟動，完善了縣、鄉、村三級防癆網絡。２００７年，全球基金第五輪結核病項目在該縣啟動，經免費抗結核治療后，治愈率達到９２％。
地方病、寄生蟲防治工作
地方性氟中毒：２００４年，全縣進行氟水監測工作，現基本控制了本病的發生流行。
絲蟲病：１９８４年１２月，該縣已通過省級考核驗收，達到國家規定基本消滅絲蟲病的標準。２００３年，該縣絲蟲病防治工作順利通過周口市對消滅絲蟲病的審評，并通過河南省消滅絲蟲病復審。２００４年７月，該縣通過了衛生部的考核驗收，已達到了部頒消滅絲蟲病的標準。
