經濟普查是一項全國性、系統性的重大國情國力調查，必須建立上下協調有序的組織管理體系，為普查順利實施提供堅實保障。為此，國務院印發的《關于開展第五次全國經濟普查的通知》 明確了“全國統一領導、部門分工協作、地方分級負責、各方共同參與”的組織原則。國務院第五次全國經濟普查領導小組，負責普查組織和實施中重大問題的研究和決策。領導小組辦公室設在國家統計局，按照統籌開展經濟普查和投入產出調查的要求，負責普查的具體組織實施和協調，具體包括普查的宣傳動員、方案設計、培訓和部署、單位清查、普查登記、數據處理、資料開發、普查總結和日常組織協調等工作。